경제인문사회연구회 소관 정부출연 연구기관의 문제점을 살펴보면, 정부출연 연구기관은 각각 여비규정을 마련하고 이에 근거하여 여비를 집행하고 있다. 여비의 경우 연구기관별 여비규정에 따른 실제 소요액을 반영하되 공무원 여비규정을 초과하여 집행이 불가하도록 되어 있다. 그러나 한 연구기관의 국내여비 지급기준을 살펴보면, 기타직 직급의 식비가 공무원 여비규정보다 3,000원 더 많이 규정되어 있다.

또한 두 그룹으로 분류된 공무원여비 규정과 달리 세 그룹으로 분류되고 각 그룹마다 지원책이 상이해 형평성에 어긋하고 있다.

한편, 정부출연 연구기관은 결산잉여기금이 발생한 경우 기획재정부의 예산 및 기금운용계획 집행 지침을 기준으로 사용하도록 규정하고 있지만, 처리 규정을 위반한 사례가 있다. 특히 한 연구기관의 경우 특별한 사유도 없이 연구회의 규정 및 절차를 지키지 않고 자의적으로 결산잉여금 전액을 능률성과급으로 사용했지만, 별다른 조치를 취하지 않고 있다.

김영선 의원은 “연구기관별로 지침이 다르고, 기준을 위반하거나 형평성에 어긋나고 있는데 별다른 조치가 취해지지 않는다는 것은 이사회의 관리감독이 부실한 것이며, 이것은 곧 상부기관인 국무총리실의 관리소홀로 연결된다.”라고 지적하며, “정부출연기관이 형평성 있도록 새롭게 규정과 지침을 개선해야 한다.

또한 지침을 위반하는 연구기관에 대해 다음연도 정부출연금 감액 등 제재를 강화해야 한다.”고 강조했다. 또한 김 의원은 “정부출연 연구기관 재무상태의 지속적인 악화를 방지하기 위해 결산잉여금 중 일부를 적립하는 제도를 도입·검토할 필요가 있다.”고 제언했다.